Seit 1998 ist der MUG-Hubschrauber Westflandern (betrieben vom IMDH und stationiert in Universitätsklinikum Sint-Jan in Brugge) der einzige MUG-Hubschrauber in Flandern, der vom Rettungsdienst anerkannt ist. Darüber hinaus gibt es in Bra-sur-Lienne auch einen MUG-Hubschrauber, der in der Wallonie operiert. Die MUG-Hubschrauber werden auch als MUGHs abgekürzt. Im Gegensatz zu den MUG-Straßenfahrzeugen können die MUG-Helikopter den Patienten transportieren. Für diesen Transport werden dem Patienten dann die gleichen Tarife berechnet wie für den regulären Krankentransport auf der Straße. Ansonsten verfügen sie über die gleiche Ausstattung wie reguläre MUG-Fahrzeuge.
Allerdings ist die Finanzierung der MUG-Helikopter seit ihrer Gründung ein heikles Thema, denn anders als die regulären MUG-Dienste erhalten die beiden MUG-Helikopter keine Betriebsmittel vom Bund. Offiziell handelt es sich immer noch um „Experimentalsatelliten“ und es gibt keinen etablierten Rechtsrahmen. Der Betrieb eines MUG-Helikopters ist zwar nicht billig; Die jährlichen Kosten für den Brügge-Hubschrauber betragen etwa 600.000 Euro. Aus diesem Grund erhält das IMDH seit einiger Zeit einen finanziellen Beitrag von der Provinz Westflandern, einer Reihe von Gemeinden in West- und Ostflandern sowie einigen niederländischen Gemeinden. Um das verbleibende Geld aufzubringen, ruft das IMDH Sponsoren auf und organisiert Spendenaktionen. Aufgrund der prekären finanziellen Situation der MUG-Hubschrauber fordert die Provinz Westflandern seit langem eine gute Grundfinanzierung für die MUG-Hubschrauber vom Bund, der für die medizinische Notfallhilfe zuständig ist. Eine diesbezügliche Vereinbarung wurde 2013 vom Centre Médical Héliporté, der gemeinnützigen Organisation des wallonischen MUG-Helikopters, abgelehnt, da die Bedingung lautete, dass die MUG-Helikopter wie die regulären MUG-Dienste an eine Notaufnahme eines Krankenhauses angebunden sein müssten. Der MUG-Helikopter aus Bra-sur-Lienne startet von einem Ort, der nicht in der Nähe eines Krankenhauses liegt. Im Frühjahr 2018 würde Gesundheitsministerin Maggie De Block den Bund fürs Leben bezüglich der Anerkennung und Finanzierung der MUG-Hubschrauber schließen.
Von 2005 bis 2023 kam ein leichter zweimotoriger Aérospatiale-Eurocopter vom Typ AS-355 F1 Écureuil 2 der Firma Heli Service Belgium zum Einsatz. Ab März 2022 wird die Ecureuil 2 durch ein neues und leistungsstärkeres Flugzeug ersetzt: einen Airbus EC-135. Das neue Flugzeug fliegt mit der Registrierung F-GMTU, da der Hubschrauber vom französischen Betreiber SAF (Secours Aérien Français) gemietet wird. Der Vertrag wurde für die Dauer von fünf Jahren geschlossen. Zum Zeitpunkt des Verfassens dieses Artikels wurde sie bereits (vorübergehend) durch eine andere EC-135 aus Frankreich ersetzt.